一天早晨，托鲁斯村的少年克罗诺被母亲叫醒，母亲告诉他今天是嘉鲁帝亚王国建国一千年庆祝日，王国为此举行了盛大的千年祭；而且他的好友露卡也将在会场公布一项新发明。克罗诺于是领了200元钱去参加千年庆典。出了家门，千年祭会场在村东北，但最好先去村长家了解一下本游戏的基本指令或去西北的嘉鲁帝亚森林去熟悉一下战斗。
会场果然很热闹，有各种游戏诸如赛跑赌博，喝酒比赛等，赢了能得筹码。
在会场中心，克罗诺与一位少女相撞，少女的一串项链丢失了，在右上方找到项链后还给少女，她十分高兴，告诉克罗诺自己叫玛尔，并想一起玩。在会场中听说公主不见了。两人来到上方，却被人拦住，说露卡正在里面调试机器，要一会儿再开放。这时到会场外围与喷泉旁的一人谈了一下露卡的发明就可以去参观了，可是玛尔……真麻烦！
刚到参观的空地，就听见露卡的父亲塔班正在介绍这个发明——“超次元物质传送机一号”。在露卡的邀请和玛尔的怂恿下克罗诺进了左筒，正象介绍的那样，克罗诺被传送到了右筒。顽皮的玛尔忍不住也想一试，机器开动了，突然，玛尔的项链开始发光，出现了一个时空门，玛尔被吸了进去，大家都惊呆了，露卡和塔班也不明白出了什么事。这时克罗诺到左筒捡起玛尔留下的项链并走了进去，说道：“无论如何，我不会丢下她不管，我要去找她。”深知克罗诺性格的露卡发动了机器，临别时她喊道：“在我研究出原因之后会追上你的”。
经过一段光怪陆离的空间，克罗诺出现在一座景色迷人的山上，这有些小魔族，很好对付。下了山，这里是多么眼熟啊！到村里一问，才明白自己竟到了公元600年(王国建国就是公元零年)。无论如何，快去找玛尔吧。克罗诺通过嘉鲁帝亚森林，来到了王城，但卫兵却不让进，幸而王妃召见了他。进了城，见过了国王和大臣(怎么大臣那么可疑？不管他，去找王妃吧)。上右楼梯到了王妃的房间，王妃屏退左右，“你终于来了啊，克罗诺！”
“？！”
“……是我呀，我是玛尔。(原来王妃竟是玛尔！)我在山上被人发现后，他们说我是失踪的王妃，并把我带到了这里……怎、怎么回事？心脏好象要裂开……，帮帮我克……克罗……”说着，玛尔化作一道白光消失了。惊惶失措的克罗诺向楼下跑去，在楼梯口被叫住，原来是露卡，她找到了转送机的问题，并通过时空门追了过来。听了克罗诺的话，露卡想了一会儿说：“我明白了，玛尔一定是王国的玛尔帝亚公主，也就是这个时代王妃的后代，而现在王妃的生命受威胁，如果王妃死了，那么玛尔帝亚公主也不存在了，所以当务之急是去救王妃。”为了找到王妃，两人在村子的旅馆中偶遇冒险家托马，照他说的到了西边的修道院。修道院中一片祥和，但两人在讲台前发现了一个发光物，“这是什么？”克罗诺道。“这……这不是嘉鲁帝亚王家的纹章吗？”露卡惊道。
这时，修女们围了上来，突然，她们都变成了妖怪！战斗开始了。胜利后，还有一个没断气，这时一名青蛙剑客出现打倒了妖怪。青蛙自称是王妃的卫士，并加入了队伍。奏响左上角的管风琴，秘门打开了，大家这才发现修道院是妖魔们的总部！开始战斗吧！在右边里面的房间(就是妖怪们冒充国王和王妃的那间)右有一间密室；还有就是风琴开秘门，骷髅标志开钉板机关。
终于面对头领了，敌人是妖魔亚库拉，就是它冒充大臣抓走了王妃。可以让克罗诺和青蛙用二人技“交叉斩”攻击，露卡用道具回复。恶战后，亚库拉消失了，王妃和真的大臣都得救了。回到王城，国王和王妃谢过克罗诺三人，青蛙见王妃平安便告辞了。再来到王妃的房间，两人惊喜地发现：玛尔又出现了！由于知道了玛尔的真实身份，大家决定回到现代。
来到山上克罗诺刚出现的地方，只见一个发光的小洞，玛尔问道：“我们从这儿回去吗？”
“是，玛尔，”露卡说着取出一个仪器，小洞一下子变大成了时间隧道，“哈哈，怎么样？这就是我的新发明，我把它叫做时空门，可以用这个时间门把控制它并实现穿越时空。但我还有不少问题没搞清楚。”
三人通过隧道又回到了现代，露卡去研究她的时空门了，克罗诺和玛尔一起去王城。刚进嘉鲁帝亚城，大臣就冲了出来，不由分说便叫人把克罗诺抓起来了。之后举行了公审，无论克罗诺如何分辩，都将被“公正”地判处“死刑，三天后执行”。
克罗诺被投入了死囚牢。“不能就这么死了。”克罗诺敲起了栅栏门，几次后，狱卒开了门，一下打倒了他，骂骂咧咧地往回走。克罗诺爬了起来，拔出剑打倒了狱卒。“逃犯！”另一个狱卒叫道，但也被摆平了，克罗诺逃出了牢房。
在狱中，值得一提的是：①遇到执大盾的敌人，应该等他们转过盾再攻击；②对付狱卒可以绕到其背后给他一下从而避免战斗；③在出口附近的一间牢房中有一个洞，可出去爬到两个不能由门进的牢房中取宝。逃出了监狱，狱长见到了克罗诺，吓得想去报告，却被打了下来，原来是露卡来救克罗诺了。两人一起向外逃，不料在路上被大臣用一辆战车——“火龙战车”截住，战斗又开始了。这辆战车对当时的主人公们来说还是较难对付的，可以先用二人技“火焰车轮”消灭它的身体和车轮，使其丧失全体攻击能力，再用普通攻击消灭头部就方便多了，在这一过程中及时回复是极为重要的。干掉了战车，从大臣和卫兵的“人桥”上走了过去(多踩几脚解解恨)。
从卫兵中突围到了门口，玛尔公主出现了，她不顾父命，跟克罗诺一伙逃了出去。在众人追捕下，三人到了森林中的空地，只见……又是一个时空门。“走吧！”玛尔道。露卡道：“这不行，我们不知会到哪儿去，也不知能不能回来。”玛尔道：“我才不管呢，只要克罗诺和我们在一起，管它是什么地方。”正争论时，大臣一伙赶到了，看来已无路选择，于是大家打开了时间之门……
三人出现在一个莫名其妙的房子里。“这里什么地方？”克罗诺问道。“大臣没追来吧。”玛尔还惊魂未定。“看来这里的文明很发达呢。”露卡道。“可别到了外星球。”玛尔道。
三人出了房子，只见天空灰暗，风雪呼啸，满目苍荑……由南边的半球体中的人指点，通过北方的16号废墟，到达阿利斯圆顶屋。其中的老人多恩告诉大家地下室中有食物和种子，还有一个能察出时空门的记录器，但由于机器故障，地下室中的保卫系统使他们无法进入，于是三人就下了地下室。在一间房间里，巨大的机器卫士出现了，这个大家伙有两个副机，建议先消灭一个，因为都消灭的话它会再生，必要时用二人技“回旋圣光”进行全体回复。获胜后，到存放食物的房间，调查后回到来时的铁架上。这时要抓一只老鼠，按B加速，按A捕捉，如失败可来回几次。抓到后它告诉了开通道路的方法是在控制器前同时按L和R键不放再按A键。照它说的到刚入地下室的地方，在右边的控制器前用此法，果然道路通了。进门后，通过绕来绕去的路，到了一个有记录仪的房间。露卡使用机器，发现东面的普罗美提半球体有一个时空门。玛尔也按了一个开关，屏幕上出现了公元1999年“拉沃斯日”的记录。目睹把美丽、文明的世界变成废墟的怪物，大家震惊了。
“拉……拉沃斯，世界会受到这样的灾难？”露卡喃喃道。“这难道就是我们的未来？太残酷了！”玛尔叫道。过了一会儿，玛尔说道：“这个未来，我们一定要改变它！怎么样，克罗诺，露卡？”露卡也说：“我们可以用时空门来做到，是吧，克罗诺？”
克罗诺当然同意，于是三人决定回到现代去进行预防工作，由于来时的时空门已经被封，所以只能去普罗米圆顶屋。回到地面，多恩谢过后告诉大家走32号废墟，但有个怪机器人……
出了阿利斯，建议先到南面的地下水道迹去，那里有些好装备。在地下水道迹，要注意①不要漏了墙后的路；②将红色的开关拨成绿色；③不要太好奇。在出口附近，会遇到怪物库罗里，它的拿手绝活是把人打得体力只剩1点(如本来就是1点，则不减体力)，所以要合理回复。出口处左有一开关，可以把桥接通，以后来往就方便多了。出来后可以到达死山和监视者的圆顶屋，现在没什么必要去，还是去32号废墟吧。
32号废墟中停着一辆漂亮的跑车，克罗诺刚碰一下就出来几个卫兵，正待开战，一个会变形的机器人乔尼出现了。乔尼一定要与克罗诺赛车，克罗诺接受了挑战，这样，就能欣赏到动感十足的赛车画面了。在赛车时，当右下角能量加满后按B可加速，不过只能用三次。如果获胜，可直接通过32号废墟，输了就只能打过去了。
终于到了普罗米，在那里见到了一个损坏的机器人，露卡发挥他的天才修好了它，由于原名R66-Y型叫着太别扭，克罗诺起名叫罗博。大家说明了来意，但有时空门的房间的门由于电力系统的故障而打不开，罗博认为可以到北面的工场启动非常电源，这时玛尔和露卡之间必须选择一个留下，建议把露卡留下。
三人来到工场，罗博关闭了激光栅栏。走进去，可以看见两个电梯，左边的通向研究所，右边的通向工场。工场中道路复杂，又有多种麻烦的开关装置，笔者第一次玩在这里陷了一个多小时，不过能找到不少好的装备，而且在这里才能找到开研究所大门的密码。在研究所最下层的房间中，启动门边上的电脑，听到“叮咚”一声后依次按XABY四键，门就能打开了。进了门，看到房间中部有一个开关，按动开关后，突然警铃大作，原来一个电脑精灵的封锁被打开，逃了出去。
这时，一切电器都失灵了，电梯已不能使用，只好用楼梯。在一个房间里，罗博被六个同类型的机器人打坏，两人将罗博运回了普罗米。露卡修好它后，大家打开了门，进入了时空门……
这次到了一个更为奇怪的地方，那儿的老人告诉大家这里是时光终点，就是时间的尽头，是由于时间隧道中出现了四个人而产生了超载，所以来到了这里。
这时得留下一个人在时光终点，以后在移动画面中按Y键可随时换人。在老人的指引下，大家到右上方的一个小房间，里面有一个自称战神的家伙，它要求克罗诺一行顺时针绕栅栏跑三圈，照办后大家就能用魔法了！不过只有在状态栏的头像边有字的才能用(如克罗诺为“天”，露卡为“火”)，所以每个能用魔法的伙伴包括以后加入的都应该见见这们位战神。之后可以与战神战斗，如获胜有很大好处。现在到左上的平台，在光柱中按A就能进行时间旅行了，这时应该去A.C.1000年的梅迪那村。
在一个柜子里，三人走了出来。只见两个小魔族正在吃饭，原来这个村子里四百年前人魔大战后魔族聚居的地方。在好心的小魔族的指引下，三人来到村西。可以先去小屋拜访兵器制造家博修，买些装备，再去北面的黑克兰山洞。
洞中有不少视人类为死敌的魔族，对付它们大都要用新学的魔法才有效。通过弯弯曲曲的道路，淌过浅滩，终于见到大恶魔海克兰了。
用物理攻击效果不大，最好用魔法，在它进入反击状态时不要攻击(它也不会攻击)，战胜它并不困难。海克兰在临死时说拉沃斯是魔族之神，于是克罗诺认为该去中世打倒魔王，消灭拉沃斯，就能改变未来了。再向上走，通过海底水流，三人到了露卡家的附近，去探望一下克罗诺的母亲吧。
从千年祭会场的时空门到了时光终点，再“换车”前往A.D.600年的中世。
到修道院南的萨南桥，听了骑士团长的话，三人来到嘉鲁帝亚王城中的厨房要超级肉，但不管是找厨师长还是在桌前点菜都没有用，只好悻悻而去时，却被厨师长叫住，原来他也有热心的一面呀。
克罗诺回到塞南桥，只见两名骑士已经受了伤，将厨师长给的肉交给骑士团长。团长准备以死殉国，正在交待后事时，忽闻魔王军来了，克罗诺要帮助骑士团，便向桥中跑去……
桥上会遇到魔王的三大变态部下之一的比内加，这个家伙不断使唤骷髅想阻止克罗诺，但没什么用。一直到了桥头，比内加招唤出一个合体怪物，只要用非天系的攻击(如果用天系的技反而会使敌HP回复)，再注意回复便不难获胜。
过了桥来到圣特利诺村，在村长家，可以见到冒险家托马也在那儿，正接受委托去找虹色贝。再去旅馆，跟据托马的话，前往南面的森林，在最里面的一堆草中探索，可以找到青蛙居住的小屋。
克罗诺将打倒魔王的想法告诉了青蛙，但他认为不可能，除非有传说的神剑格兰利昂。
为了找到神剑，三人到了南面的帕莱波利村，从村长家得知神剑就在桑德里亚村东的德那多罗山上。到了山上，会遇过少年“勇者”塔塔。山上的路较难走，但对玩到这儿的玩家应该没什么问题。值得一提的倒是一种手持大槌的敌人，攻防都很厉害，其实只要让露卡用火系的技烧毁槌子，它就不足为惧了；还有在山顶上有一只在观赏风景的猪，连续与它说几次话就能得到一个使魔力成长的宝物。到了秘洞中，神剑格兰利昂插在地上，但宝物都不是那么好获得的，还得与守护神战斗。刚开始，只要小心他们的二人技，再集中攻击一人，他们并不难对付。但之后两人合体(悟天和特兰克斯？)后就厉害了，要作好持久战的准备，耐心战斗，及时用全体回复。获胜后，去拿剑……怎么只有剑刃？不管了，带回去吧。
乘着风出了德那多罗山，在最南边的帕莱波利村的达塔家找到了达塔，据他说的去找青蛙。在青蛙家的一个坛子里找到了他以前得到的格兰利昂的另一部分，那部分剑上刻着“博修”。
“博修？就是梅迪那村的博修？”玛尔立刻想到。
带着剑的两部分，经过时光终点，三人到梅迪那村找到了博修。果然，这把剑曾是博修的，他说要修好它，就必须有与剑材料相同的赤辉石，但这种石头只有远古才有。于是三人又来到时光终点，进入公元前(B.C.)6500万年的光柱，到远古去寻找赤辉石。
刚一着地，克罗诺一行就被包围了，敌人越打越多，这时一个原始时代的女性出现了，她帮助克罗诺一起消灭了敌人。经介绍她叫艾拉，很喜欢有力量的人，便邀请三人参加村里的晚会，并说村子里就有赤辉石，大家便高兴地一起到艾拉的村子。
在晚会上，大家才知道艾拉原来是酋长(母系社会？)，她给了克罗诺赤辉石。在尽情的庆祝中，克罗诺和艾拉比赛喝酒，大家都醉倒了……
三人醒来，发现晚会场已是乱七八糟，地上到处是巨大的脚印，再一查，时空门把也被盗，这样，克罗诺就无法回去了。大家找到并叫醒了艾拉，她认为是死敌恐龙人干的，便加入队伍一起去找恐龙人。
跟着脚印，三人到了南面的迷幻森林，遇到了基诺，他正准备只身去找恐龙人，艾拉叫他去守村子，并说万一她回不来，就让基诺继承酋长之位。
在森林中，由于有了脚印，追踪很方便，不过完全踩着脚印走容易遇敌。通过森林，到达了恐龙人的老巢。这里有不少敌人，其中有一种绿色的大恐龙较厉害，可以用电击魔法攻击，这样它的防御力和攻速会因为“触电”而下降。
在最里面的山洞中，找到了恐龙人之王阿扎拉，他将感电怪叫出来战斗。这个怪物很强大，可以用天属性的一人或二人技使之防御下降，但它也会由此使用将电放出的全体攻击，不过与它原来的绝技相比，这还是合算的。艰苦的战斗结束了，感电怪被击毙，阿扎拉放下盗得的时空门把逃跑了。
回到村中，克罗诺带上赤辉石，告别了艾拉和村民们，通过时间隧道到了梅迪那村，博修将神剑格兰利昂修好了！快去找青蛙吧。
见到神剑，青蛙大吃一惊，他回忆起了痛苦的过去，他的原名格伦和好友萨依拉斯……
“克罗诺，我决定了，一起去魔王城吧。”青蛙说。
大家来到了东边临海的魔岩窟，青蛙抚着岩石，又想起了萨依拉斯……但萨依拉斯已经死了，青蛙终于擦干了泪水，“魔王！我的名字是格伦，往日的恩怨，让我们作个了断吧！”神剑的光辉划破了长空，挡路的岩石被劈开了，大家进了洞中。这时有一只蝙蝠会一直跟着大家，一遇敌就飞走，很可疑。
通过魔岩窟，到达传说中的魔王城了，城内正和想像中的一样阴森、恐怖。
刚进城，会发现一个敌人也没有，在探索过左右两边的房子后，再回到中央就看到比内加在那里。他说魔王的另外两个(变态)部下：外法剑士索伊索和空魔士玛由妮正在等着克罗诺一行。
可以先去左边打外法剑士，索伊索一开始托大不用剑，很好对付。获胜后索伊索开始用他的真功夫，他有好些大威力的剑术，而且水系魔法对其不起作用，要耐心战斗，注意回复。胜利后，可徼获他的剑。再到右边去打空魔士吧，与外法剑士相比，这个“空魔士”实力太差了，什么……是假的？原来那只一直跟着大家的蝙蝠才是真的空魔士！玛由妮其实没什么厉害的攻击魔法，倒是一些辅助攻击的魔法花样百出(难怪叫“空”魔士)。
干掉了魔王的两个部下，通过传送进了中央的大厅。在最里面见到了比内加，他还在叫索伊索和玛由妮，当然不会有人答应。比内加见自己就剩一人了，便坚定果断地使出绝技——脚底抹油。克罗诺一行经过讨厌的机关和艰难的空中楼梯(也能方便地过去)，总算追上了比内加。他的“作茧自缚”防御可十分“有效”，正面攻击显然行不通，其实只要打掉边上的四个绞盘，比内加就会掉下去。
接着就要与魔王决战了，魔王极为厉害。建议用克罗诺、青蛙、玛尔三人，这样有全体回复的二人技。对付魔王分为两个阶段，第一阶段用物理攻击的效果不佳，只能用魔王刚用过的那一系的魔法攻击才能造成较大伤害，如魔王刚用了天系的魔法，那就不能用天系以外的魔法攻击，一旦用错了就会适得其反。 第二阶段的魔王会解除防御，此时用任何攻击都管用了。
魔王被打败了，然而魔神拉沃斯却因此觉醒，产生了一个次元旋涡，大家和魔王都被吸了进去……
迷迷糊糊中，克罗诺仿佛听到玛尔在叫自己的名字，但清醒过来一看，原来是艾拉，自己又来到了远古，而魔王却不知去向了。大家休息了一天，第二天来到村西北的帐篷处，看到艾拉正与长老争论。原来吉诺去打恐龙人却被抓，艾拉想一人去救他，长老先前反对，但被缠不过，只好同意。大家根据长老的话到北面山上的普天兰之巢。这里又是山路，敌人大多攻速快但威力不大。到了山顶，看见艾拉正在召唤普天兰，克罗诺说要一起去，艾拉答应了，便又召唤了两只普天兰，一起飞向东南方的提朗城。
城内象迷宫一样，加上机关重重，路很难找。在监狱中，大家救出了基诺和村人。继续前进会再遇到一个感电怪，打它已有经验了吧。总算找到阿扎拉了，谈了一会儿，就听见传来了恐怖的吼叫声，原来是巨大的黑霸王龙，阿扎拉跳上了怪兽的肩，战斗开始了。建议用克罗诺、艾拉、青蛙或玛尔，这样回复容易些。先用大威力攻击把讨厌的阿扎拉消灭；大怪兽的普通攻击并不厉害，但防御力很高，可以在它用必杀技前的准备期集中攻击，因为这时它的防御力会减弱；在它用了必杀技后立即全体回复。
终于胜利了，阿扎拉倒在了地上，就在这时，一颗小星球般的红色球体飞到了地球(？)，而且好象要落在帝兰城的位置，幸好吉诺及时赶到用普天兰救了大家，球体砸毁了帝兰城。
“是拉沃斯，原来它是这个时代来到地球的。”
“拉沃斯，厉害吗，克罗？”艾拉问，“走，看看去。”
三人到了被毁的城迹，看到又出现了一个时空门。艾拉将村子交基吉诺，与克罗诺等一起通过隧道来到了一个冰天雪地的世界，这时是B.C.12000年，古文明时期。克罗诺等通过天之道到了飘浮在空中的魔法王国吉尔，这儿有极先进的科学，魔法与科学被完美地结合在一起。这里有不少隐藏宝物，还有正在建造中的大飞机黑鸟号。
大家到达了最高处的吉尔宫殿，却无法打开正殿的门。去右边的房间，可以看见公主萨拉和王子嘉基，过一会儿会有一名侍女叫萨拉去正殿议事。再到正殿的门口，看到萨拉用一串项链开了门，克罗诺也如法炮制(项链是玛尔的)，却打不开，问问边上的人才知道萨拉的项链接受了魔神器——魔法王国的动力之源——的力量。于是克罗诺到左边的房间去让魔神器的光照射项链，再开门就能成功了。
正殿内，吉尔女王正和萨拉等人议事，见三人进来，听说是异国人，便要抓起来。大臣达尔顿召唤出一个格莱姆和克罗诺等战斗，这种怪物有一种特性，就是你用什么系的攻击，它也会用这个系的技反击，所以尽量用水或火系的技，因为它的这两系攻击较弱，别用物理攻击，否则会吃大亏的。无论输赢，三人都将被打倒，然后被送到远古来的地方，并且来路也被封印。
大家想起用项链开的门上的纹章在未来世界也见过，于是克罗诺等又前往A.D.2300年。
通过地下水道迹，三人到了监视者之半球体，打开里面的纹章之门，就可以找到魔法王国三贤者之一的理之贤者嘉修的遗物——时之翼，就是一种时间飞船，它能来往于各个时间。现在可以打开封印的宝箱了。
乘座时间机器又回到了古文明时期，这时天之道已然封闭，大家前往北部的古代先民的洞穴。从洞中的先住民处了解到魔法王国的命之贤者由于反对女王建造海底神殿的计划，而被关在了漂浮在空中的悲伤之山上，克罗诺认为应该去救贤者。三人来到底层的洞穴中，经历几次战斗后，与老巢中的魔族交战，敌人除了单体攻击外没什么厉害的。
顺着铁链上了叹息之山，一直向上爬吧。到了山顶，只见一块水晶在一个平台上，水晶中似乎有人，正待上前，水晶消失了，出现了守护神，战斗有开始了。这个守护神很厉害，“两腕攻击”十分恐怖，建议用克罗诺、艾拉和青蛙三人，让克罗诺用“全力斩”攻击，其他两人用二人技作全体回复，先打掉它的左手(右边那只)，这样它就不能进行回复，也不能用“两腕攻击”了，然后抓紧时间进攻头部，因为手还会再生。好不容易消灭它了，命之贤者被救了出来，令大家目瞪口呆的是，命之贤者竟是博修！博修却不认识克罗诺等人。据博修说，由于魔神拉沃斯的影响，女王的正义之心消失了……正在这时，发生了山崩，原来博修的封印被解除，山已不具备浮在空中的魔力，落下去了。
大家总算脱险了，一起来到洞中。一会儿，萨拉带着嘉基来了，她也反对海底神殿计划，并请博修回王宫，正说着，王国的达尔顿出现，抓走了萨拉。博修请克罗诺将魔神器破坏，从而使女王恢复正义，并给了克罗诺一把刀。克罗诺出发了。
来到魔法王国的王宫要与达尔顿打一仗，这个家伙不堪一击，逃到了海底神殿，克罗诺追了下去。
在神殿中有三种小精灵，按颜色分是天、水、火，只有用相应的魔法攻击才特别有效，所以要带上相应的伙伴。神殿的道路和机关都很麻烦，耐心地寻找路吧，别忘了墙边的门啊。
又找到达尔顿了，他这回召唤了两只格莱姆。还是老办法，用全体水或火技攻击是很有效的。胜利后达尔顿又逃了，再向里走，可以看见吉尔女王和一干人正在魔神器前。眼看魔神器即将启动，克罗诺将博修的刀插了上去，魔神器化作一片白光消失了。过后，魔神拉沃斯出现在大家眼前，面对这强大的力量，克罗诺等终于不支而倒下了。这时，王国的预言者来了，他脱去外袍，原来预言者竟是魔王！魔王为了打倒它而化装成预言者等待机会，然而，魔王也不是拉沃斯的对手。世界就要被毁灭了，在这千均一发之迹，克罗诺挺身而出，用自已的生命减弱了拉沃斯的威力，但即使这样，魔法王国及其文明都从此消失了。
大家都落在了地面上，地之先民救了他们，但克罗诺……
调整好人员(建议带上艾拉，原因以后再说)，来到残存村落的广场。正在与长老谈话时，达尔顿忽然来了(怎么这个人渣还没死！)，他自称为新王，又使用卑鄙手段打倒并抓住了三人。
醒来后，大家发现自已在一个铁房间里，爬上楼梯往外一看，才明白原来这里是黑鸟号，回到房间，可以用装病法或在房间左上方按A跳出从而逃离，由于持物、装备和钱都被没收了，必须找回来。(如果有艾拉，则没找到她的装备也能战斗)另外，在楼上(暂且这么说)的通气孔上按A可以向下窥视。找到装备后，到飞机的左翼，在左下方会遇到一个“大型格莱姆”，其实是个光说不练的家伙，别为它浪费MP了，随便打吧。
这时，达尔顿已将时间飞船装好了机翼，开始试飞。三人发现后，跳上去与之战斗，达尔顿很快被打败，落了个自作自受的下场。三人占领了飞船，按下绿钮(Y键？)发射激光，黑鸟号被击落了。从此，可以把飞船当飞机用了。
回到残存的村，据广场的人说的，带上青蛙，前往西北的北之岬。在那里找到了魔王，他告诉大家魔法王国的一些事。原来时、命、理三贤者由于反对女王被送往各个时代，嘉基也被送往中世，魔王就是嘉基！他本想用时空门改变历史，但结果……告诉大家一切后，可以选择是否要与魔王战斗，应该选“不”，这样，魔王就能成为伙伴；如果选“はい”，则由青蛙与魔王单挑，获胜后只能得一枚萨拉的护身符，所以还是选“不”较好。
大家登上了时间机器，看到海中的神殿升了起来，成为叫做“黑梦”的飞船。现在可以到黑梦中去战斗，但为了完美的结局，还是去时光终点吧。
终点的老人其实就是时之贤者，他给了大家时之卵，这是使克罗诺复活的必要宝物。经过打听，了解到使克罗诺复活还需他的人偶，这个东西在千年庆典的会场有。
到了千年庆典会场，先通过游戏攒45个筹码(有时会调价)，再到喷泉右方的鬼屋，就能见到人偶，然后跟着人偶作动作，L、R分别为举左右手，A为吃惊，Y为笑，如果能准确地跟上动作，鬼屋主人就会把人偶送到克罗诺家去(SPG？)。去克罗诺家取得人偶后，要到未来世界登上具有使人起死回生能力的死山，它在地下水道迹的出口附近。
刚上山，就由于风太大而被刮下来，只好去边上的监视者的圆顶屋询问。到了拿时间飞船的房间的门口，努会给大家三个人偶。这时再去爬山，在路上遇到第一个人偶，它告诉大家风大时站在树后，风小时再爬。
再向上，就没有风了。这里的敌人用火系的技攻击效果很好。遇上像小号拉沃斯的敌人，千万别攻击它背部，那会受到惨重反击的，只要用单体攻击打它的头部就行了。其中有一个小拉沃斯被击溃后会留下硬壳，要推动并借用它爬山。
还有的就是注意雪地上有一个发光物，那是开机关用的。终于到了山顶，取出时之卵，注入魔力，日蚀开始了，大家又回到了克罗诺将死的一刻，这时用人偶换下真人，回到死山，克罗诺复活了！
打点好一切，装备好防止异常状态的护具，大家前往黑梦。到现在，玩家应能从容应付里面的敌人了。要提的是变身后的女王，别攻击她的双手，只要用单体攻击打她的头部。最后女王被打倒，黑梦也像虚幻的梦一样消失了。
终于直面拉沃斯了，它一开始用模拟攻击，这对于现在的主人公们来说已不足为虑。之后拉沃斯恢复本性，使用自已的独门绝技，但也不难对付。
胜利后，拉沃斯的头部消失了，大家进入了它的体内。
最后的决斗来临了，选择合适的伙伴很重要，应该具备以下几点：①超大威力的单体物理攻击；②大威力的全体攻击；③有效的全体回复(最好连同状态一起回复)。建议用1.克罗诺或魔王、2.青蛙、3.玛尔或艾拉。首先与中央控制装置作战，开始最好先用道具加强自己的魔法和物理防御力。然后用大威力的全体攻击消灭其右手(左边那只)，这样敌人就不能用威力最大的“双手攻击，破坏之扉打开”了。然后集中攻击尽快消灭左手，因为它只有一只手时会用“守封”使一人的状态防御失效，这样就有中混乱等状态失常的危险。消灭双手后，应该能轻松一些，但也要及时回复。
获胜后，终级首脑——拉沃斯核出现了，敌人的绝技十分恐怖，有“梦无”、“巨岩”、“天泣”等绝大威力的招式。和前一场战斗一样先加防御力吧。作战时，先用大威力的物理攻击消灭左边的副机(魔法攻击无效)，因为它能用“守封”和回复等讨厌的招式，然后用全体攻击，注意敌人是会再生的。其实右边的副机才是外星人的本体，但中间主机的攻击太厉害，还是消灭比较好。
艰苦卓绝的战斗结束了，拉沃斯带着他的野心灭亡了，欣赏美丽的ENDING吧！
最后，还有一个秘技，等“END”三字出现后，同时按L、R、选择和开始四键，能回到标题画面，这时在三个记录的上方多出一项“つよくてニュゲ—ム”，选择它后可以用某一记录中的级别和道具开始冒险！在这种状态时，在千年庆典会场中露卡的物质传送机的右侧平台里有一个发光物，对着它按A就可以进入一个绿色的时间隧道，直接与拉沃斯战斗！